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在元代，白莲宗几经沈浮，但由于元朝宗教政策的相对宽松，仍然发展迅速，白莲忏堂大量出现，信徒众多。
据刘埙《水云村泯稿》记载：“南北混一，盛益加焉，历都过邑无不有所谓白莲堂者，聚徒多至千百，少不下百人，更少犹数十。栋宇宏丽，像设严整，乃至与梵宫道殿匹敌，盖诚盛矣。”
吴澄《会善堂记》亦云，其教“历千年而其教弥盛，礼佛之屋遍天下”。
正所谓物极必反，由于元朝宗教宽容政策的鼓励，白莲宗才出现“南北混一，盛益加矣”的现象，才会演变出以后的白莲教。
元代白莲宗势力虽然有很大发展，但并没有形成统一的宗教组织，而且，由于各地发展的不平衡，由于教内各类人群所处的经济地位不同，追求的目标不同，白莲宗产生了严重分化，呈现出截然相反的两种发展趋势。
其上层教首随著社会地位与经济地位的提高，开始勾通官府，跻身于社会上流。
这些教内上层分子仍然以白莲宗正宗流裔自居，恪守茅子元时期的教义，政治上亦采取与元当局合作态度。
另外有很大一部分人由于经济地位低下，身受民族与阶级的双重压迫，遂走上了反抗元政权的道路。
从支持元政权到反抗元政权的转变中，最明显地体现就是在其所奉教义的转变，他们背离弥陀净土信仰，吸收利用弥勒救世信仰，茅子元倡立的白莲宗，是从阿弥陀佛净土宗和天台宗融合并分化出来的，在教义上不同于弥勒净土一派，没有弥勒救世信仰。
因此，白莲宗的上层，便对这种引进了弥勒救世信仰的白莲宗大加训斥。
认为这是一种“迷失宗旨”、“不遵教典”的行为，“实法门中一弊事”，斥之曰：“误人误己，堪可悲哉。”
元末，弥勒救世信仰在下层白莲宗中更为流行，而这正是它能够与信奉弥勒救世信仰的弥勒教和“香会”相融合的原因。
弥勒信仰之“渗入”白莲宗，是在元末农民大起义的浪潮中最终实现的。
南北朝时，出现佛教异端弥勒教，其后数百年间，主要在民间流传，并不断有人借以造反。
两宋时，弥勒教与摩尼教出现融合趋势，这些教派倡言“释迦佛衰，弥勒佛当持世”，对拥有广大下层民众的白莲宗影响甚大。
有人认为，白莲教形成后，仍保留了弥勒教信仰的理论框架：“白莲教尽管保留了若干阿弥陀佛教的特征，如背诵咒语的仪式、愿升极乐净土的希望和对菩萨保佑的祈求等等，但整个教派的宗教神话的理论结构是弥勒教的”。
不仅如此，白莲宗转变为白莲教之后，表现出种种败坏宗风的“邪行”，白莲宗正统东林寺僧普度在上朝廷的《上白莲宗书》指出其“十不应”，主要有：“传授邪言，夜聚晓散”、“密付生死，误人性命”、“妄谈般若，乱说灾祥”、“妄撰伪经”等。
从普度所说的“十不应”来看，不难想像，很多白莲会在元中叶有很多已经演变得与秘密教门、邪教差不了多少。人人读 .rrdxs.
元末，佛教异端白莲宗几经沈浮，终于演变成在下层社会广为流传的异端组织白莲教。
其传教方法是“假借谶讳符箓，焚香诱众”，宣称“弥勒佛降生，明王出世”，又编造“天谴魔军杀不平，杀尽不平方太平”“控了石佛眼，当时木子反”等歌谣，鼓动人心，引发元末农民大起义。
可见，白莲宗与白莲教是一个事物的两个方面，白莲教与白莲宗有源同流分的关系，其本质区别在于前者已经不容于当时的统治者和居于正统地位的佛教。
在元末以前，白莲宗与白云宗、弥勒教还都是独立的教派。
但是，由于它们长期以来都是在下层群众中秘密流传，因而互相接近，互相渗透，到元末，这些在民间秘密流传的异端教派，便进一步融合。
白莲教虽然在元末农民大起义中形成，但它始终没有形成一个完整的宗教或组织，只是成为后世种种教门、邪教的代名词或曰一种历史现象而已。
元末白莲教正式形成以前出现的种种“邪教”、“妖贼”、“吃菜事魔”等类，多为与社会现实格格不入的宗教异端，以及一些打著宗教旗号的民间秘密教派、迷信团体。
白莲教形成后，比较正规意义上的邪教开始出现，无论它们是崇道还是奉佛，也无论他们“安分守己”与否，他们的组织、经卷、教义和活动都与现实社会秩序不相吻合。
如果重视他们的信仰层面，可以称之为民间宗教，如果重视他们的起事活动，可以称之为秘密宗教，总之大抵是为“邪教”。
而邪教的活跃，有三个比较显著的特点，其一，教派林立，名目繁多，分布范围广泛；其二，以弥勒佛和无生老母为核心，信仰多元化；其三，邪教造反之势太显，官家镇压措施日趋严厉。
元末农民起义由相互混合的白莲教、弥勒教和明教等秘密宗教发动，这些秘密宗教倡导弥勒下生、明王出世之说，便于起义者用以号召群众起来造反，推翻旧政权，开辟新天地，因此成了元末起义者用以发动斗争的武器。
元末风起云涌的农民战争，推翻了颟顸虚弱的蒙元帝国，造就了一个崭新的大明帝国和一个起于下层的新帝王。
朱元璋起初由一介平民参加“邪教”发动的造反时，对白莲教、弥勒教和明教等秘密宗教是颇为信奉的，但为时不长，随著其军事势力的增大，他的政治立场逐渐发生变化，逐渐向封建统治者方面转变。
与这一变化相适应，他对易于被用来发动起义的秘密宗教的态度，也一天天地由信奉而转为疏远，以至转为反对了。
朱元璋作为一个有政治头脑的人，深知民间教派对现行秩序为害之烈，如蚁穴溃堤一般。
元至正二十六年，朱元璋在著名的讨张士诚檄文中，明确攻击白莲教：“愚民误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏其苦，聚为烧香之党，根据汝颖，蔓延河洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，茶毒生灵，无端万状。”
这里，他把原先曾信奉的白莲教及弥勒教、明教等秘密宗教骂为“妖言”、“妖术”，表现了其深恶痛绝的态度。