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与《刀狩令》在历史上多次一次出现不同的是，《海贼停止令》在日本史上第一次出现。
在日本史（特别是南北朝时代以后）中的海盗，大多是领地临海的豪强。
他们如大名拥有领地，在海上拥有地盘（海上权、海上支配权），并且拥有相互的联合组织等，在一定规模的组织中活动着。
因此，就像国人众和一向众（不是一向宗）那样，从性质上来说他们与单纯的海盗是需要区分开的，他们也被称为“海贼众”。
当然他们也会像一般意义上的海盗一样，有时会袭击沿岸地区和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委托进行船舶的警卫（警固）也是主要活动之一。
特别是室町幕府在勘合贸易时，幕府被迫承认他们的合法性，赋予他们警固海面的任务。因此海盗们也被称为“警固众”。
与此相关，他们以护卫名义收取的金钱被称为“警固费”，为了警固的委托和收费而设置在登陆港等地的设施被称为“警固关”。
室町时代后期幕府的权威衰退，权力分散后，各地的海盗们也进行了政治上的自立，不再是服从某个大名，而是作为对等的关系，或者雇佣兵行动，作为与大名等独立的组织活动。
因此，根据时势随机应变地改变支持大名的情况也经常发生。
而造成这样的一个可能因素是，由于社会货币经济、物流的改变等，贸易收入开始超过土地的粮食产出，而海贼众们的警固费收入增加。
到了战国时代后期，有力大名将海贼众臣属化作为水军的情况也变多了，宇喜多家最初控制的冈山众就是原本盐饱水军的下级海贼众。
后来随着宇喜多家的逐渐强大，势力横跨濑户内海两岸，就连盐饱水军自身都不得不臣从秀家。
就连濑户内海西侧的原本属于毛利家配下的村上水军，也因为秀家控制尹予被一分为二，领地在尹予的海贼众成为了秀家的下属。
秀吉下达的《海贼停止令》，要求全日本的水军众停止从事海贼行为跟终止征收帆别钱、警固料的权利，也对走私交易进行杜绝，将日本的对外贸易统合于朱印船贸易，及授权给特定的大名对外进行贸易。
秀吉在《海贼停止令》中的措辞非常严厉，只给了海贼们一下三种选择：
其一，对于特定的拥有极大势力的海贼头领，被要求成为丰臣政权体制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，对于拥有一定势力的，但是并不属于号令一方的存在，并且距离丰臣家直领较远的海贼被要求成为特定大名的家臣团，如村上及盐饱水军；
其三，要求海边零散的海贼众，这些多是临海渔村的渔民兼职的活计，他们被要求放弃武装，成为农民。
当然还有第四条，就是不选择以上三条路的海贼，全部被要求就地处死。
这两条政策看起来是稳定治安的政策，实际上是秀吉通过又有法律效力的纸面文书，正是确立了武士和平民之间的界限，为下一步进行全国性质的兵农分离打下基础。
与这两道军事相关的政策同时颁布的，还有针对切支丹的《伴天连追放令》、针对贸易的《乐市令》以及针对知行统计的《天下检地令》。
“伴天连”是葡萄牙语“Padre”的日语汉字翻译，意为神父或传教士，“追放”则是放逐的意思。
由于当时传入日本的基督教宗派只有天主教会，因此该法令实际上系针对来自西班牙、葡萄牙等天主教国家的商人及传教士而来。
历史上的《伴天连追放令》下达于天正15年（1587年）六月十八日，这一世的这条法令却整整晚了一年有余。
与之相应的是，与历史上秀吉对于大名和武士相对宽容的态度不同的是，秀吉此次《伴天连追放令》比历史上强硬了很多。
历史上的《伴天连追放令》主要约定了一下几点：
（1）普通民众有权利选择自己的信仰，政府不会进行干预；
（2）领地的治理者，不论是大名还是地侍都不能因为自己信仰切支丹而要求领民改信切支丹；
（这条明显的po高山右近的，历史上高山右近被处置也是因为在《伴天连追放令》下达后依然逼迫领民改信切支丹。）
（3）大名如果出现交替、、继承、转封的情况，民众不会再随之转封，不会影响领内民众的信仰；
（4）知行超过200町，或收入3000贯以上的大名，如果要成为基督教徒，只要得到秀吉的许可就可以；
（5）知行地比这少的武士，所以可以根据本人的想法，随意改信佛教或者神道宗门；
（6）由于有一向宗推翻富坚氏对加贺的统治，并且觊觎越前之事在前，禁止大名以知行加封为诱饵，或者以减封改易为威胁，要求家臣改信切支丹；
（7）把日本人卖给中国、南蛮、朝鲜半岛是不应该的。因此，在日本禁止买卖人。
（8）牛马对于日本来说是重要的农业工具，而像切支丹那样买卖牛和马来吃，这也是不合理的。
一律以这些条文严加禁止，如有违犯者即严惩。
而这一世的秀吉在对以上的第（1）、（3）、（4）、（6）进行了变更：
（1）原本已经信仰切支丹的民众被允许保留信仰，但是不准再允许伴天连们发展新的信徒。
切支丹和切支丹结亲的，生下的孩子可以继续信奉，切支丹和其他信仰的对象结亲的，生下的孩子不能再信奉切支丹；
（3）大名如果出现交替、继承、转封的情况，民众要么随着先代主君转封，要么就地改信佛教或神道宗，都不愿意的需向官府提出申请，经批准后迁移至依然接纳切支丹的大名领内。
（4）知行超过知行超过200町，或收入3000贯以上的大名，或者知行超过80町收入超过1000贯的武士，在经过秀吉批准之后才能继续信奉切支丹，不然必须在限期内改信；
（6）天下各大名，需要严格限制领内切支丹家臣的数量，必须要留下接纳的也需要进行约束，经统计后上报秀吉核准。
从以上这些条例的修改可以看出，秀吉对于切支丹的警惕性比历史上高好多，历史上的秀吉对于切支丹虽然进行了一定的限制，但是并且有彻底堵死，特别是在民众的信仰上。
而这一世的秀吉对于切支丹的态度格外严厉，对信奉切支丹民众在基数上进行了限制，切支丹只有和切支丹成亲子嗣才能继续信奉切支丹，不然就必须改信，就从源头上封印了切支丹信众的上限。
包括第（3）点也是对切支丹信众进行了约束，将他们这群人制约在特定的地区，而当领主不再接纳切支丹后，他们要么改信，要么居家迁移。
正所谓故土难离，离开了土地的信众就是流民，到了新领恐怕过得还不如乞丐，秀吉希望用这条政策，减少现今信奉切支丹的人数。
同时，秀吉对于大名秀吉也比历史上严格好多，历史上的秀吉只是要求大名们有新出现想要改信切支丹的，报他批准就行，对于已经改信的并没有进行限制。
但是这一世，直接要求天下所有大名，不论是已经改信的还是即将改信的，都需要经过他的同意，不然就必须限期改信。
第（6）条更是要求其麾下的大名，帮助其对领内信奉切支丹的武士进行约束，很多大名都会因为惧怕秀吉的威严，或者懒得惹麻烦而要求已经信奉切支丹的武士改回信仰。
对于这些大名来说，如果出现不愿意改信的武士，正好可以以此为借口收回他们的知行，扩大自己的实力。
对于秀家来说，这道命令的影响力还好，因为秀家已经预料到这种情况的发生，将领内的切支丹领民大部分流放到了虾夷地。
现如今秀家正好可以借着《伴天连追放令》，强制将赖在土地上的切支丹民众装船北运。
如果说一定有影响的话，就是那些改信了切支丹的武士，过去秀家对于他们的信仰没有依据进行限制。
限制随着《伴天连追放令》是下达，秀家不仅可以对他们进行约束，在暗示他们接受转封琉球或者虾夷的安排，还能表现出这是对他们信仰私底下的接纳，使得他们对秀家感恩戴德。
唯一比较麻烦的是向明石全登这样的重臣，他的能力即便放在日本都是拔尖的，秀家不愿意刻意迫害逼迫他改信，搞不好直接把人给搞走了。
那么只剩下一条路了——假意改信。
秀家只能代其上报已经改信，并且私底下通知他以后低调一点，不要刻意的展现出切支丹的信仰，当然这一切都是打着保护他的名义。
如果说《伴天连追放令》对秀家来说的好处的话，就是秀家终于可以有明面上的理据，来限制切支丹在虾夷的发展。
《伴天连追放令》的下达，在短时间内引起了不小的波澜，特别是切支丹信徒遍布的九州地区，引发了一场席卷整个九州的一揆。
据说参与叛乱的民众数量超过10万众，以至于就封在九州的大名甚至没有能力进行镇压，以小早川隆景为首的外样大名联名上书秀吉，请求秀吉暂缓《伴天连追放令》的事实。
最后秀家不得不对《伴天连追放令》进行修改，暂时允许普通民众继续信奉切支丹，但是武士阶级必须进行约束，如果不愿意改变信仰的，就褪去武士的身份成为平民。
同时秀吉接纳了第一批允许继续接受切支丹信仰的名单，其中就有大友家，这就使得九州的切支丹民众蜂拥入北日向和丰后，短期内刺激了大友家的经济。
但是事实上，大友家现任家督大友义统是不信切支丹的，跟从他的家臣也大多信奉佛教，反倒是老家主大友宗麟是切支丹信徒，秀吉的这道命令为今后丰后动乱，大友家改易埋下了祸根。
与秀家多年内，不断的坚持清除领内切支丹信仰不同的是，天下大名过去普遍对切支丹信仰不加以约束，这就是的切支丹在日本各地深根发芽，从下至上的腐蚀日本。
因此当时限差不多到的时候，别国或多或少的上报了百余名家内信奉切支丹的武士，而横跨濑户内海，雄霸西国的冈山藩总共上报切支丹武士32名！
秀家的表现在之后新春贺喜中得到了秀吉的广泛赞誉，但是也为其打上了反切支丹大名的标签，使得秀家在之后与南蛮商人做生意的时候遇到了许多阻碍。
其实秀吉下达《伴天连追放令》的目的是将西方人的传教和贸易区分开，但是以西班牙为首的南蛮商人，是极度狂热的西切支丹信徒，他们的贸易的本质是为了配合伴天连们打开日本的信仰封印，通过同化日本人，打开更大的商品市场。
秀吉的《伴天连追放令》下达之后，使得之后两年南蛮商人锐减，进口货物大量减少，西班牙商人们似乎是想要以此来向秀吉施加压力。
但是之后随着葡萄牙和荷兰商人的进驻，这些将钱财看得比信仰更重的纯粹的商人，很快弥补了西班牙商人退出后的市场。
而这也进一步导致了1641年，西班牙东亚商会和荷兰东印度公司之间“圣萨尔瓦多城之战”的爆发。
在《伴天连追放令》的巨大影响掩盖下，《乐市令》的颁布就显得有些孤陋寡闻了。
现在很多人喜欢把“乐座”与“乐市”混在一起谈，是因为受到了暗荣《太阁》游戏的影响。
游戏中有一张卡片被称为“乐座乐市”，意思是能吏通过限制大商人，鼓励小商贩刺激了经济，增加的领地的贸易收入，与现在的“小微企业扶持政策”差不多。
但是实际上，“乐座”和“乐市”是完全分开的，而且是相矛盾的！
由于他们的在性质上有一定的矛盾性，基本上不可能同时颁布这两条诏令！
在当时的社会上，“座”就是大集团、大商号，所谓的“乐座”是给予大座商特许经营，也就是游戏中的御用商人。
而“乐市”类似划定一片特定的区域，让手工业这、普通农户直接将手中的货物出卖给其他需要的人。
也就是说“乐座”类似于“盐铁烟酒专营”，只是覆盖的商品更加广泛，客户面更大而已。
而“乐市”相当于后世的厂家（原产地）直销，没有中间商赚差价，同时厂家多赚点利润这样。
而秀吉此次颁布的乐市令，就是在自己的直辖领各国主要城的城下町内划定特别的区域，在每个月特定的日子里，允许缴纳了入场钱的民众直接和消费者做生意，有点像“赶集”。
从其只划定特定的区域，以及每个月特定的时间来看，秀吉依旧倚重大座商，不敢侵犯他们的利益，本质上这个《乐市令》只不过是秀吉与商人们商量好的，释放给普通人的一点小恩惠罢了。