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在这之后，玩家还将多次收到其他逃生舱幸存者发出的求救讯号，这这些幸存者却无一例外走向了同一种结局，希望一次次变成失望，此时此刻，再迟钝的玩家也终将意识到，水下的世界绝非他们想象中那么安全，这个世界可能隐藏着更多的秘密。
不过，在四处奔走寻找幸存者的过程中，玩家能找到不少系统中丢失的数据，通过这些找到的蓝图，玩家可以制造出更好的潜水设备、载具等，自然而然的，他们就能朝着更深的海域探索。
渐渐的，玩家在海下建造起水下基地。
在水下数百米位置，玩家会渐渐发现一些有着人类生活痕迹的废弃基地，基地内一样遗留着曾经的主人留下的日记与文档。
这时候，玩家又将收到一个新的无线电讯息，而这一次的无线电讯息并不是来自其他逃生舱的求救讯息，而是来自星球之外的救援信息。
一艘名为“阳光号”的飞船正在赶来救援，尽管知道游戏不可能这么简单，但不管是出于好奇还是因为有了新的目标，玩家赶往“阳光号”的登陆点，这是一座不大的岛屿，在岛屿之上，有一座形状怪异的建筑，建筑风格与人类文明有着明显的差异。
当“阳光号”进入大气层，怪异建筑突然动了一来，它变成了一个类似防空塔般的形状，一个不好的预感出现在玩家心中。
下一刻，故事的发展印证了玩家心中的不好预感，就在“阳光号”在玩家视线中越放越大的时候，怪异建筑也时刻跟随着飞船转动着方向，终于，耀眼的能量脉冲喷射而出，“阳光号”变成了一朵璀璨的烟花。
当玩家找到入口进入到这个怪异的建筑，通过扫描信息，他知道这个建筑名为“免疫执法平台”，它的职能，便是物理消灭所有试图接近或是逃离4546b星球的单位，建筑中心位置有一个奇怪的装置。
当玩家试图关闭这个装置时，经过装置的鉴定后，会被系统提示自己已被感染，无法禁用设施。
此时玩家才知道，自己已经不知不觉被一种未知的细菌感染了，这种细菌存在于整个星球的空气以及水中，为了避免细菌向外扩散，某种科技文明远高于人类的外星文明便用这种堪称粗暴的方式将整个星球封锁起来，任何生命都无法从此逃离。
紧接着，玩家便会通过讯息得知总部已将一份火箭的蓝图发送到“极光号”船长室的电脑上，玩家可以自己制造出火箭逃离这颗星球。
然而，玩家心中却明白，如果没有办法能够解除“免疫执法平台”对星球的封锁，即便火箭造出来，依旧是徒劳无功。
但不管如何，想要最终逃离，火箭总归是要造的，于是玩家前往极光号残骸，在残骸之中，玩家不仅能够找到许多资料，还将寻找到系统里存放的机密资料，通过这些资料，玩家能够发现，“极光号”进入4546b其实并非意外。
十年前，一艘名为“德加斯号”的飞船在4546b星球附近消失，失踪原因不明，但玩家心中异常明白，这显然也是“免疫执法平台”的杰作。
而“极光号”此行的辅助任务之一，便是对十年前失踪的“德加斯号”展开救援。
在后续线索中，玩家会发现在当时的“德加斯号”飞船上有着三名幸存者，而跟着这三名幸存者遗留下的各种信息，玩家又获得了更多有用的信息。
当玩家来到一个名为“失落之河”的地图，此地到处充满带有腐蚀性的强酸液体，在这里，玩家将寻找到第二座外星设施“疾病研究中心”，在这里，有着大量生物样本以及文档四散在各处。
通过收集与整理信息，事情的起因终于浮出水面。
大约一千年前，名为“先驱者”的高层次文明在与其他文明的种族战争中感染了名为卡拉的超级细菌，这种细菌通过破坏生物的免疫系统来杀死它们，致死率极高，很快，便有超过1430亿先驱者因此死亡，剩余的先驱者在星系内多个星球上建立起疾病研究中心并尝试开发疫苗，而4546b便是其中之一。
通过大量的实验，先驱者发现，一种名为海皇利维坦的生物天生就拥有对卡拉细菌的免疫力，并且可以分泌出一种名叫“42号酶”的物质，能够治愈疾病。
先驱者捕获了一只成年体海皇利维坦，将其关在海底1400米的设施进行进一步研究，但或许是因为该成年体的年龄过老，其分泌的42号酶活性不足，无法完全根治细菌，研究人员便将注意力集中在海皇胎儿身上，可由于海皇利维坦的孵化条件过于严格，他们尝试了许多办法，却始终没能成功孵化胎儿。
最终，意外降临，一只海龙利维坦为了取回被研究人员拿走的蛋，攻击了疾病研究中心，导致卡拉细菌扩散至整个4546b星球的生态环境中，造成星球物种的大灭绝，免疫执法平台因此激活，这个星球从那一刻起被完全封锁起来。
为了寻求最终的真相，玩家前往最后的目的地，1400米。
在那里，玩家将找到被关了1000多年的海皇利维坦，这是一种天性温顺且智慧极高的生物，能够利用心灵感应进行交流，玩家在接触免疫执法平台后出现的多次类似幻觉的现象其实就是这只海皇利维坦在对他召唤。
然而先驱者无法听到听到海皇利维坦的心灵感应，或许是因为先驱者身上的众多器官都已经替换为机械，他们已经相当于机械飞升体，而海皇利维坦的心灵感应属于生物电，因此海皇利维坦在过去一直尝试跟先驱者交流却从未被理会。
事实上，海皇利维坦自己就知道孵化的条件，却由于受困此处，又无法与先驱者交流，最终导致悲剧发生。
细菌扩散后，星球上的生物发生大规模灭绝，先驱者也逐渐死去，海皇通过训练大眼仔，利用先驱者制造的排水管道，将42号酶运送至外面的海洋中，这才维持住了一定的生态，导致星球上的生物没有完全灭绝，这也解释了为什么诺大的星球只有这一片海域是存在生物的，为什么生物的种类其实远没有想象中繁杂。
海皇深知，只要自己一死，这个星球最后的生态系统也将彻底崩溃，因此即便被关在小小空间内，即便身体早已衰老无比，它依旧凭借着顽强的毅力拼命的活着。
在它的生命即将到达极限时，“极光号”降临，通过关闭执法平台失败时产生的电磁波，海皇感应到了玩家的存在，这才将玩家引导到了这里。
原来，海皇的孵化需要一种特定的孵化酶，根据所给的配方，玩家制造出孵化酶，也成功将海皇胎儿孵化了出来。
至此，海皇的使命已经完成。
孩子的新生，母亲的逝去，作为被囚禁者，海皇利维坦可能心中有恨，但却依然用最后的温柔拯救着这个世界，她是一个伟大的母亲，更是伟大的救世主，随着小海皇去到外面的世界，卡拉细菌逐渐被消灭，生态系统逐渐变好，玩家的感染终于被清楚，免疫执法平台终于被关闭，乘坐着火箭离开4546b，再次回首望去。
再见了！我的朋友！