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河西地区人烟稀少，物产贫瘠，西路军补充不易，粮弹缺乏，前途不容乐观。从11月下旬到12月上旬，西路军苦苦坚守于永昌、山丹、凉州一线。马步芳见红军在自己的地盘里停下不走了，不由大急，连日驱动马家军向西路军发动进攻。红军以劣势疲惫之师顽强抗击马家军的攻击，因弹药不足只好用大刀、木棍拼搏。马家军骑兵众多，忽来忽去，红军困守各个堡垒土围，几乎无日不战，伤亡极大。一直打到12月初，西路军已伤亡达6000余人，马家军死伤也差不多，双方打得筋疲力尽，战斗渐渐停息。
西安事变和平解决后，蒋介石已答应停止内战，一致抗日，国共间原本紧张的局势得到缓解。不过，此时西路军仍执行向西打通新疆的任务，希望能建立一块稳固的根据地，从而策应中央。年底，西路军顶风冒雪冒着严寒继续向西开进。如果红军一直向西走，马步芳是乐得让他们快点离开的。可红军一停下来，他又急了，卧榻岂容他人酣睡，立即调动部队围攻过来。1月，西路军在甘浚堡遭到马家军骑兵突袭，人困马乏的西路军损失严重，可说已到危急时刻。而此时的中央在国民军重兵围攻下，已经有了放弃陕北的打算，想让西路军东进配合。
此时，马步芳已看清了形势，立即向蒋光头表示效忠，同时集中兵力开始猛攻西路军。随即，双方在高台展开激战，马家军猛烈进攻高台，红军苦守数日，顽强击退了马家军的一次次进攻，最后枪弹耗尽，开始展开肉搏。最后，红五军军长董振堂、军政治部主任杨克明、13师师长叶崇本壮烈牺牲，3000多红军战士大部战死，所有被俘人员被马家军残忍杀害。前来增援的骑兵师在路上遭遇优势的马家军骑兵，经过一场血战，红军骑兵大部伤亡，骑兵师长董俊彦和政委秦道贤也牺牲了。
高台之战后，西路军实力大损，而马家军仍穷追不舍。陈ch、徐xq等西路军领导决定全军东返，趁实力仍在杀回河东。此时西路军全军还剩1万多人，其中能战斗的人员只有不到一半。在倪家营子，西路军又同尾随而至的马家军展开激战，战斗持续了近10天，倪家营子内外鲜血已流成了河，西路军损失惨重。此时，西路军再在倪家营子坚守下去，只有覆灭一途。这时中央又来电，要求西路军就地坚持。在马家军的围攻下，最终西路军大势已去，乘夜向祁连山突围。
红军被马家军分隔包围在三条低洼的古流水沟里，以大刀、木棍顽强拼杀，88师师长熊厚发在混战中被打断了左臂。三条流沟里的血战一直持续三天，最终西路军杀出重围向祁连山口的梨园口退去。西路军全军陆续汇合到了祁连山中的康龙寺地区，全军已不到2000人，且大部为伤员病号，枪弹已尽，粮食断绝，已无力再战。最终，西路军决定陈ch和徐xq脱离部队回陕北向中央报告实情，西路军余部则分散打游击，突围出去一个算一个。
直到这个时候，远在新疆的宇行才获得西路军的悲惨遭遇。由于张国涛领导下的红四方面军一直与中央有矛盾，在四川的时候他就有分裂中央的举动，违背中央决定向川康发展。要不是当时在刘文辉那里碰地头破血流，他也不会北上陕西。不过，也因为这个原因，在西路军西进的途中，前指与中央也产生了隔阂，见疑与中央，并导致红军西进的彻底失利。并且在后世所有的历史文献也很少提及这个事件，可以说是讳疾忌医，掩盖历史真相。要不是李先念、徐向前、陈昌浩等一批一人活了下来，这个事件真有可能淹没在历史长河中，倍受屈辱的西路军女红军战士更是死不眠目。
当然，对于宇行来说这也是一个很好的机会。一直以来，在西北大地，南疆集团并没有把自己的利爪伸出新疆地区。西北地区的五马仍然像历史上那样悠然自得，这主要是因为宇行不想太早地引起征战中原的各派军阀的注意。沈阳保卫战、东北基地、云南、四川、兰州等地的发展也很少有挂着他的名头。就是逐鹿青藏高原也是以伊斯兰教与佛教的分歧进行的宗教战争。现在南疆集团已经有必要统一西北，形成一个稳定的地域宽广的抗日后方基地。并且顺便把整个西部地区连成一片，各种基础建设也就可以大大方方进行，再也不受制擎。
宇行的提议很快就被总参谋部整理成一个完善的作战计划，争取在一个月的时间内扫平西北地区，希望在七七事迹前能够把这片土地整合成一个整体。同时，在统一西北的战斗中，顺便实战练兵。1937年2月26日，元宵节一过，战意直冲霄汉的十万新疆军团分别从哈密、可可西里兵分两路开始向东展开进攻。过去高唱“马步芳，日ni娘，撵着老子上新疆，白腊杆子换钢枪”的原马仲英36师更是东进急先锋，仅仅两天时间就挺进到嘉峪关。一路上可以用秋风扫落叶一般来形容，只是在肃清广大占领区内反对武装时行动中浪费了点时间。南路军也很快控制了巴颜喀拉山南部地区，并迅速向柴达木盆地清扫。不过，所有参战的部队都放弃了机械化运输工具，最多也就出去武装直升飞机提供炮火支援，绝大多数军队是以骑兵为主。宇行可不希望把小日本吓跑了，这个时候可不好封锁消息。
这个时候依然在围剿西路军的青马部队也接到了肃州/酒泉被围的消息，并且得知还是被以前驱赶入新疆的马仲英的部队包围的，这一下把马步芳气晕了。不过，他也知道马仲英的这36师并不好打，于是把正在围剿西路军的青马主力第100师抽调前线，其余军队继续追击西路军。此时的西路军残部正准备分散游击，突出一个是一个，宇行所派出的特种部队及时地到达了石窝山。残存的两千多西路军终于逃出生天，分批被南疆集团的大力神直升飞机运送到南疆一号基地。
历史上参加西征的21800余名将士中，力战牺牲的超过了一半，被俘的有6000余人。除了被马家军残忍杀害的外，日后国共合作期间被中、共中央陆续营救，加上流落民间通过各种途径返回陕北的共约6000余人。西路军苦战4个多月，以巨大的牺牲支援了河东红军的行动，功不可没。然而因为政治上的原因，西路军的历史在很长时期内被说成是执行了张国焘的逃路主义路线，没有得到应有的评价，很多老战士都是带着遗恨离开人世的。不过，现在活下来的战士终于在宇行的金手指操纵下，命运转了个弯。到达新疆的西路军不再是历史上的四百多人，而是两千多将士，那个英勇善战的88师师长熊厚发，再也不会被残忍地绑在炮口上，让马步芳给活活轰死了。