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与机械变异体的战斗已经过去了好久，进之介在档案室查找资料，雾子端来一堆道：新庇护的资料已经整理好了，雾子担心道：过于工作对身体不好。
进之介道：没时间了，他们又行动了。
雾子道：新庇护是你正在追查的反政府组织吧。
进之介道：全球停顿那天我和早濑就在追查，同时发生了那样的惨剧，不解决这件事我就无法向前，为了让自己能重新出发这是必须的。
进之介把物证照片给雾子看道：好像是被称作眼魂，但已经被偷走了。
升为理事官的课长道：这是你在特状课最后的任务。
进之介道：一个月前机械变异体连续爆炸事件中，发现了机械变异体和新庇护有所联系，但是。
雾子道：只差一步让对方首领逃走了。
突然腰带先生出现安慰道：首领虽然逃走但组织也瓦解了，看着走神的进之介，雾子也跟着看过去但什么都没有。
进之介转移话题道：当时还发生了神秘事件。
五十岚樱道：这是前辈在离开腰带先生后第一个不是机械变异体的任务，而且还和第一次全球停顿时的案子有关。
飞羽真道：我记得眼魂是小尊前辈他们的。
诗岛刚道：没想到那次之后还出了后续。
一个月前在最终决战还没开始时，进之介和刚，追猎突袭了新庇护这个组织，在击退手底下的小兵后，进之介等人遇到两只机械变异体的阻拦，等腰带先生带赶到后进之介等人变身，战斗中腰带先生道：是新庇的首领，驰骑连忙把现场交给追猎者和马赫，自己去追首领，很快追猎者和马赫释放必杀同时消灭了两只机械变异体。
追击战中逃跑的首领被看不见的物体撞到，神秘者道：把眼魂交出来。
赶来的驰骑看着好像是被人打了的首领疑惑道：什么情况，突然首领被击飞，眼魂也掉落，首领趁机赶紧跑了，驰骑想要去追。
神秘者道：这个人也是来抢眼魂的吗，神秘者攻击驰骑。
驰骑道：这是什么。
腰带先生道：并不是机械变异体，掉在地上的眼魂发出光芒，灵骑登场然后消失和神秘者打起来，腰带先生道：发生了科学无法解释的事。
灵骑与神秘者的战斗以远处的墙破了个大洞结束，驰骑也随之捡起眼魂，时间回到现在进之介道：我把眼魂交给铃奈小姐研究。
雾子道：但是被偷走了。
进之介道：以这个为线索说不定就能找到新庇护的首领。
追田跑进来道：进之介找到犯人的地址了。
小究道：还好铃奈小姐当时在箱子里放了追踪器，随后小究把偷窃者的资料发过去，是一名叫岗村的新庇护成员。
小究开始怀念有腰带先生在的时候，腰带先生道：过度依赖高科技是很危险的，我也是因为有进之介才能战斗，等进之介低头腰上根本没有腰带先生，而这一走神差点出了车祸。
顺利来到仓库前进之介和追田进入里面找人，雾子留下查看附近防止嫌疑犯逃走，进之介和追田持枪走进仓库开始每个房间搜查，过程中追田开导进之介道：突然失去腰带先生可能会感到不安。
进之介否定道：怎么会呢。
追田拽住进之介道：觉得和之前没什么区别的话就错了，感到不安很正常，可还有我，小姑娘，老师，究太郎和课长先生在呢，所以拿出平时那样的自信来吧，进之介深受感动。
小风吐槽道：前遇神，后遇鬼。
进之介无奈道：我怎么就卡他们两个人中间了。
一辉道：前辈我才惨呢，卡在两个神的中间。
或人道：小尊前辈的敌人好麻烦啊，连看都看不见。
小尊道：一开始是看不见，后来多亏明里开发出了不知火才能看见。
进之介道：所以你到底是怎么把牛顿魂弄丢的，还被他们捡到。
小尊道：我也不知道，那些眼魂都有自己的意识，小尊想到，说出来太丢人了。